La huérfana Sheeta ha heredado un misterioso cristal que la une al mítico reino de las nubes de Laputa. Con la ayuda del ingenioso Pazu y una graciosa banda de piratas del cielo, dirige su camino hacia las ruinas de la que fué, una gran civilización. Sheeta y Pazu deben ser más listos que el malvado Muska, quien planea usar la tecnología de Laputa para dominar el mundo.

Lupin recibe un enorme diamante llamado Crepúsculo (amanecer en el doblaje latino) de parte del viejo Dolune, el jefe del Sindicato Europeo de Crimen Organizado. El diamante es en realidad la llave para acceder a un tesoro abandonado por el clan Gelt hace un siglo. Lupin viaja a Marruecos, donde supuestamente se encuentra el tesoro, pero resulta que hay dos Crepúsculos, y sin ambos, la puerta hacia el tesoro no se abrirá. Se dice que la otra parte de la llave está en poder del hijo de Dolune, pero no se sabe quién es ni dónde está. Al mismo tiempo, otro grupo está buscando el tesoro, unos asesinos contratados por los descendientes del clan Gelt. Una gran pelea se desata y naturalmente, Lupin queda atrapado en el medio de ella.

El celebre bandido Lupin III y su camarada Jigen huyen después de robar el casino nacional de Mónaco, para luego descubrir que el dinero es falso. Los billetes son de una calidad muy alta y podían ser unas legendarias falsificaciones perfectas que han hecho estremecer las economías de naciones desde la invención del papel moneda. Estas se originan al parecer en el ducado de Cagliostro, por lo que el intrepido Lupin y sus amigos deciden hacerles una pequeña visita.

Tres ninjas luchan contra Nobunaga Oda -un ser maligno que dominó en tiempos atrás en Japón- e intentan detener sus intentos por controlar el mundo.